根据国家林业局赋予卧龙自然保护区管理局的职责、任务和中共四川省委、四川省人民政府《关于四川省市县乡机构改革的意见》（川委发［2001］12号）精神及四川省机构编制委员会《关于核定四川省卧龙国家级自然保护区管理机构及人员的批复》（川编发［2003］29号）的要求，经研究，确定国家林业局卧龙自然保护区管理局、卧龙特别行政区下属机构及职能如下：
一、特区党群工作部
     行使特区组织部、宣传部、共青团、妇联、统战部职能；同时行使管理局组织部、宣传部、共青团、妇联职能。
     工作职责：宣传党的方针、政策，围绕特区各个时期的中心工作，开展对内对外的宣传工作；对干部群众进行社会主义、爱国主义、集体主义和民族团结教育；联系上级主管部门和新闻媒体，把好宣传政策关；制定党委工作计划；负责党委会议的筹备和会务，办理党委日常工作、保密工作；指导精神文明建设工作；联系人大、政协、统战、宗教事务工作，组织开展法制教育；受党委委托，协调公、检、法三部门之间的工作关系，负责副科级以上干部的考察、培养、推荐、管理；负责乡（镇）党委、政府换届人选的考核、推荐；办理干部任免工作；负责组织发展、组织建设工作；编报党组织和党员的各种统计报表，拟定民主评议党员方案及干部培训计划；负责共青团、妇联的工作；指导全区中小学校的德育工作。
二、特区纪委办公室
     行使特区纪委、监察局、审计局职能；同时行使管理局纪委职能。
     工作职责：维护党的章程，贯彻执行党内法规；检察党的路线、方针、政策和决议的执行情况；协助党委加强党风廉政建设，组织协调反腐败工作；依法检查和处理国家行政机关在遵守和执行法律、法规和人民政府的决定、命令中的问题，受理控告和检举，调查处理违纪案件和受理申诉；对本单位及所属各基层单位的财政收支、财务收支及其有关的经济活动，预算内、预算外资金的管理和使用情况，领导干部的任期经济责任及固定资产投资项目等进行审计、监督。
三、特区工会
     行使特区工会、广电局职能；同时行使管理局工会职能。
     工作职责：组织贯彻《工会法》和《中国工会章程》；负责联系基层工会工作；负责督促、落实厂务、校务、医务公开；负责监督企业职工劳动合同的签订；负责劳动竞赛和安全生产监督检查；负责管理职工活动中心，组织开展职工问题活动和职工教育、培训；负责有线电视传输系统的使用管理和自办节目的制作；负责女工委的日常工作。
四、特区行政办公室 同时行使管理局办公职能
     工作职责：检查督促各部门、单位贯彻落实上级的各项决议、决定；协调各部门和各方面的关系；拟定和监督执行上级和特区各项工作计划；负责文秘、档案、会议、信息、督察、接待等工作；负责国家和省有关司法行政工作的贯彻执行。
五、特区经济与发展计划局
     行使发展计划局、规划局、建设局、公用事业局、安全监察局、统计局、农牧局、地震办职能；同时行使管理局基建科职能。
     安全生产委员会办公室为安全生产委员会的常设办事机构，挂靠经济与发展计划局。
     安全生产委员会办公室为安全生产委员会的常设办事机构，挂靠经济与发展计划局。
     工作职责：负责制定国民经济和社会发展的中长期规划、年度计划，并监督实施；承办项目的论证和报批工作；负责水土保持、农田基本建设、农业和畜牧业新技术的推广应用以及农业产业结构调整工作；对区内的工业经济以及贸易进行管理；指导发展乡镇企业以及项目开发工作。组织编制基本建设预算和技术改造项目；负责编制呈报各类国民经济统计报表；负责区内建筑行业归口管理。
六、特区财政局
     同时行使管理局财供科职能。
     工作职责：贯彻执行国家财政法律、法规，严格财经纪律。负责财政预、决算和分析；编报各专项资金计划、预算和决算，并监督实施；管理国有资产和预算外资金；负责地方税收的入库工作。
七、特区人事与劳动保障局
     行使人事局、劳动局、老龄工作委员会职能、管理社保中心、人才中心；同时行使管理局劳动人事科职能。
     工作职责：负责国家有关人事、离（退）休、机构编制、劳动工资、劳动保障等方面的方针、政策、法律、法规的贯彻执行；负责劳动就业、社会保障、工资福利的管理工作。承办工作人员的考核、录用、培训、奖惩工作；办理工作人员的工作调动和接收安置工作；负责一般行政职务申报、聘用和离（退）休人员的管理工作；拟定人事劳动、工资计划，填报相关的各类报表；管理人事档案；负责区内劳动争议的仲裁和行政执法工作；负责初级职称评审，中、高级职称材料初审、呈报及办理专业技术职务聘用手续；负责全区老龄委工作。
八、特区社会事业发展局
     行使科技局、文体局、教育局、卫生局、计生委、民政局、救灾办、扶贫开发办职能；同时行使管理局文教卫生科职能。
     工作职责：贯彻执行国家有关科技、文化、教育、卫生、体育、救灾、扶贫开发、民政优抚等方面的方针、政策和法律、法规，制定相应的发展规划并组织实施；负责科技发展规划的制定、疾病控制、医疗卫生、食品卫生、文化教育事业、体育事业的管理和计划生育、爱国卫生工作；负责教师、医务、防疫、计生人员的业务培训工作；负责民政优抚、救灾、扶贫工作。
九、特区资源管理局
     行使环保局、林业局、国土局、水利局职能；同时行使管理局资源保护科、野保办、防火办、退耕办、天保办职能。
     工作职责：负责宣传和贯彻执行党和国家有关环保、林业、国土、矿产、水力资源等方面的各项方针、政策、法律、法规，接合特区实际制定相应发展规划并组织实施；制定环境保护管理措施，并组织实施；负责组织植树造林、国土绿化和野生动植物资源保护管理、监测以及护林防火和森林病虫害防治工作；负责天保、退耕还林等生态建设与管理；负责林政管理工作，查处林业行政案件；负责森林资源调查，有目的地实施保护利用；负责国有土地、林业、林地、矿产、水力资源管理工作。
十、特区交通局
     行使交通局、公路局、运管局职能。
     工作职责：组织、宣传贯彻国家有关交通行业方针、政策、法律、法规；负责区内交通运输管理、交通工程建设、交通工业生产、交通科技、水上交通行业管理及交通规费征收等工作；组织制定区内交通发展规划，并部署实施；抓好区内公路的养护、路政等管理工作；主持办理区内有管交通战备工作。
十一、旅游局
     工作职责：负责旅游管理工作，负责宣传和贯彻执行国家有关旅游的法律、法规，组织制定和实施行业标准；制定旅游发展的中长期规划并组织实施；制定旅游管理办法并组织实施，组织旅游宣传促销；负责旅游企业服务工作的监督；组织指导旅游行业的业务教育培训工作；指导旅游行业协会工作。
十二、特区公安分局
     同时行使管理局森林公安局和武装部职能。
     工作职责：维护社会稳定，打击各种违法犯罪活动。负责查处各类刑事案件；负责辖区内的社会治安管理；保护野生动植物资源和维护社会治安秩序；负责警卫、治安、户籍、道路交通和案件侦查、预审、出入境管理及消防工作；负责对国家财产、国家机密和要害部门、部位的安全保卫工作；负责国防教育，提高全民国防意识；组织民兵完成战备执勤和参加急难抢险工作；负责民兵、预备役人员的登记、统计和征兵工作；负责乡（镇）专职任务干部的业务管理工作；协同有关部门完成复退军人的安置和拥军优抚工作；负责区内道路交通安全管理工作。
十三、特区综合执法大队
     行使工商行政管理局、药品监督局、质量技术监督局、文化稽查大队职能。
     工作职责：负责辖区内工商行政管理工作；行使辖区内药品监督、质量技术监督、文化市场、集贸市场、城镇管理等综合性执法监督工作。
十四、法庭
     工作职责：依法审理民事案件、经济案件和刑事自诉案件，维护公民和法人的合法权益；办理本庭审理案件的执行事项；调解各种民事纠纷，依法疏导、化解社会矛盾；指导人民调解委员会的工作；负责宣传有关法律、法规，会同有关部门搞好全区普法教育工作，配合专项斗争，打击各种犯罪活动；承办上级主管部门和特区交办的其他事项。
十五、检察科
     工作职责：做好刑事案件的审查、批捕和支持公诉工作，对直接受理的案件进行侦察，依照法律程序监督公安机关的侦察活动和人民法庭的审判活动，开展监察建议活动；研究全区的法制建设；对刑事案件判决、裁定的执行是否合法实行监督；加强开展职务犯罪的预防工作和法制宣传；承办上级主管部门和特区交办的其他事项。
十六、地方税务局
     工作职责：负责宣传贯彻国家关于税收的方针、政策、法律、法规，以组织税收收入为中心，依法治税；加强税源培植，依法税收征管，加大稽查力度，以查促收，以查促管，发展地方经济；承办上级主管部门和特区交办的其他事项。
十七、卧龙镇人民政府
     工作职责：贯彻执行党和国家的路险、方针、政策及法律法规。执行本节人民政府的决议和上级国家行政机关的决定、命令，发布决定和命令；负责编报和执行本行政区域内的经济和社会发展计划，管理本行政区域内的经济、保护、教育、科学、文化、卫生、体育事业和财政、民政、公安、司法行政、计划生育等行政工作；保护辖区内全民所有的财产和劳动群众集体所有的财产，保护公民私有的合法财产，维护社会秩序，保障公民的人生权利、民主权利和其他权利，保障各种经济组织的合法权益；负责本辖区村镇建设、管理、服务及精神文明建设工作。组织开展创建文明城镇、文明单位、文明村、群众性文化体育等活动，开展民主法制教育和社会公德教育，提高群众素质；保障少数民族的权利和尊重少数民族的风俗习惯；保障宪法和法律赋予的男女平等，同工同酬和婚姻自由等各项权利；依照有关政策、法令的规定和干部管理的权限培训、考核和奖惩辖区干部及工作人员；办理上级人民政府交交办的其他事项。
十八、耿达乡人民政府
     工作职责：贯彻执行党和国家的路线、方针、政策及法律法规。执行本届人民政府的决议和上级国家行政机关的决定、命令，发布决定和命令；负责编报和执行本行政区域内的经济和社会发展计划，管理本行政区域内的经济、保护、教育、科学、文化、卫生、体育事业和财政、民政、公安、司法行政、计划生育等行政工作；保护辖区内全民所有的财产和劳动群众集体所有的财产，保护公民私有的合法财产，维护社会秩序，保障公民的人身权利、民主权利和其它权利，保障各种经济组织的合法权益；负责本辖区内村镇建设、管理、服务及精神文明建设工作。组织开展创建文明城镇、文明单位、文明村、群众性文化体育等活动，开展民主法制教育和社会公德教育，提高群众素质；保障少数民族的权利和尊重少数民族的风俗习惯；保障宪法和法律赋予的男女平等，同工同酬和婚姻自由等各项权利；依照有关政策、发令的规定和干部管理的权限培训、考核和奖惩下去干部及工作人员；办理上级人民政府交办的其他事项。
十九、中国保护大熊猫研究中心（中国林业科学院大熊猫研究中心）
     工作职责：饲养圈养大熊猫，保证大熊猫安全；大熊猫疾病防疫与治疗，确保大熊猫健康；积极做好育龄期大熊猫的配种及人工育幼工作，繁殖大熊猫幼仔；孑一代大熊猫放归野外研究；救护野生病饿大熊猫及其伴生动物；培养并储备大熊猫科研人才，形成了自己的科研骨干队伍；积极与全世界范围内的院校、科研单位及有饲养条件的动物园合作；开展大熊猫种群分布及其行为生态、繁殖生化、病理、临床医学、寄生虫病、遗传、营养、饲养、主食竹类、地理信息系统研究；做好来研究中心考察、观光及学习的国内外客人的接待工作。
二十、国有资产管理办公室
     工作职责：贯彻执行国家有关国有资产管理的法律、法规和方针、政策；负责国有资产产权登记管理，建立健全产权登记档案制度，定期分析和报告国有资产产权状况，防止国有资产流失；代表政府依法确认产权归属关系，对国有资产保值增值进行监督，对违法行为依法给予行政处罚；负责产权变动管理，维护所有者权益；促进国有资产合理配置，优化国有资产投资结构，提高国有资产运营效益，促使国有资产保值、增值；当好参谋和助手，根据掌握的清产核资、资产统计的资料和数据，提出资产重组、结构调整等意见和建议，供领导参考决策。